L-oriġni tas-Santwarju Nazzjonali tal-Madonna Ta’ Pinu jmorru lura għall-bidu tas-seklu 15, meta l-familja ta’ Giovanni Calimera bniet knisja fuq tumbata fil-proprjetà tagħha fil-Wied ta’ Għammar, l-istess post fejn hi wieqfa llum. Ġiet iddedikata lill-Assunta – u magħrufa bħala Santa Marija ta’ Calimera. Eventwalment saret magħrufa bħala Ta’ Gentile, għal Gentile Calimera. Fl-1615, Pinu Gauci, li minnu l-kappella ħadet l-isem li għandha llum, offra lill-Isqof li jibniha mill-ġdid. Fl-1619, hu kkummissjona l-kwadru titulari tal-Assunta, xogħol Bartolomeo Amodeo Perugino.
Tard filgħodu tat-22 ta’ Ġunju 1883, Karmni Grima, hi u sejra lura d-dar mix-xogħol fl-għelieqi, semgħet leħen misterjuż li nstema’ ġej min-naħa tal-kappella: “Ejja! Ejja!”. Il-leħen imbagħad stedinha: “Għid tliet Avemarijiet f’ġieħ it-tlett ijiem li ġismi straħ fil-qabar”, devozzjoni li għadha ħajja fost l-Għawdxin. F’kemm ili ngħidlek, wara din is-Sejħa tal-Madonna lil Karmni u anki lill-ġuvni jismu Franġisk Portelli, it-toroq kollha bdew iwasslu lejn Ta’ Pinu. Ix-xmara kontinwa ta’ pellegrini ma waqfet qatt.
L-ewwel ġebla tas-Santwarju preżenti, eżempju mill-isbaħ ta’ arkitettura Neo-Romaneska u Gotika mibnija fil-ġebla lokali, tqiegħdet fit-30 ta’ Mejju 1920, u l-Bażilika ġiet iddedikata fit-13 ta’ Diċembru 1931.
Fl-1935 il-Kardinal Alessandro Maria Lepicier, Legat tal-Papa, inkuruna l-kwadru. Fis-26 ta’ Mejju 1990, San Ġwanni Pawlu II żar is-Santwarju u ċċelebra quddiesa fuq iz-zuntier, fejn qiegħed madwar ir-ras tal-Madonna fil-kwadru ħames kwiekeb tad-deheb. Anki l-Papa Benedittu XVI fiż-Żjara tiegħu Malta fl-2010, fi tmiem quddiesa fuq il-Fosos tal-Furjana, offra l-Warda tad-Deheb lill-Madonna Ta’ Pinu u sejħilha ‘Sultana tal-Familja’.
L-aħħar żjara ta’ Papa kienet ta’ Franġisku fit-2 ta’ April 2022, fejn żar il-Kappella, talab quddiem il-Kwadru u ppreżentalu t-tieni Warda tad-Deheb, u wara mexxa Ċeleberazzjoni ta’ Talb fuq iz-zuntier tas-Santwarju.
